简单来说，在路由器看来，最初建立的所有连接都是上传连接，如果不手写规则，路由器没办法自动发现它是下载连接。等路由器发现它是下载连接的时候，连接已经确立，失去了切换线路的机会。
在路由器的视角中，上传连接和下载连接唯一的区别只是上传连接中，你发送的数据包比收到的数据包多，而下载连接恰好相反。但这个信息只有连接建立后才能知道，而一但连接建立，就没办法切换线路了。
所以必须有人手写规则，在建立连接之前根据其他信息（比如域名、IP地址或HTTP请求类型）猜测该连接到底是上传还是下载，然后才能进行分流。如果要分析HTTP请求类型，就需要使用代理服务器，然后在代理服务器里添加规则，并借助iptables把流量转发到代理服务器进行分析。基于域名和IP地址的话可以使用路由规则（ip route或ip rule）实现。
基于IP地址是最简单的，只要建立两个WAN，然后在路由表添加条目，把特定IP或网段转发到特定的WAN即可。但是这不稳定，需要经常维护，因为服务的IP会自动变（不过可以结合智能DNS来使用，比如特定域名解析出的IP自动添加到路由表实现分流）。而且像百度网盘这样的应用，上传和下载服务器可能都是在一起的，根据IP没办法分开。
代理服务器方案复杂一点，但根据域名或请求类型进行分流还算稳定，配好了就能一直用，并且可以完美的处理HTTP类型流量。不过想让代理服务器完美处理HTTPS流量比较困难，如果想避免证书信任问题，就只能透明转发，这样就只能提取到域名，提取不到HTTP请求类型了。如果想接管HTTPS流量，根据请求类型进行分流，就会遇到证书不信任的问题。此外，代理服务器也完全没有处理UDP等游戏流量的能力。
此外，某些应用的登录状态是和IP绑定在一起的，切换线路会导致掉线或者访问被拒绝，服务无法正常使用，这样分流也就失去了意义。
综上所述，按应用进行分流是可行的，但根据上传下载进行分流比较困难，对登录状态绑定IP的应用来说甚至不可行。
@烟雨，只能根据域名或者IP地址进行分流，比如百度网盘走线路A，腾讯视频走线路B。
上传下载自动分离是做不到的，因为任何连接在最开始的时候都是上传（是你连接服务器，此时你是上传方），随后服务器开始发送大量数据，才变成下载，但此时连接已经建立，没办法切换到另一条线路了。
所以必须手动创建规则，在连接还没有建立的时候就决定要走哪条线路。